L’AMV-Niger repose sur une organisation structurée qui lui permet d’assurer efficacement ses missions. Elle comprend une Direction Générale chargée de la conduite opérationnelle et de la coordination des projets, des directions techniques sectorielles, ainsi qu’un ensemble de cellules spécialisées en études, suivi-évaluation, et appui-conseil.

L’agence est dotée d’un Conseil d’Administration, garant de la bonne gouvernance et de la conformité des actions avec les objectifs de développement national.